1990... : La mutation qualitative 
Evoluant dans un environnement marqué par les mutations entraînées par la libéralisation de l'économie et son ouverture sur l'extérieur et les réformes engagées par les autorités au niveau du système monétaire, financier et bancaire, et afin de s'adapter à ce nouvel environnement, la BNA a restructuré son organisation, modernisé ses outils et ses méthodes de gestion et mis en place une stratégie commerciale axée sur l'approche client / produit, l'amélioration de la qualité du service et l'innovation financière.
La refonte de son système d'information engagée dès 1996 par le lancement du Schéma Directeur Stratégique, va permettre à la BNA outre la réalisation de ses objectifs commerciaux, de maîtriser ses risques globaux et d'améliorer sa compétitivité et sa rentabilité.
La BNA a par ailleurs, contribué au dévelopement des opérations sur les marchés de capitaux, intervenant massivement sur ces marchés, dans le financement de l'économie.